La collection Faune de Madagascar a été fondée en 1956 par Renaud Paulian, alors qu'il était Directeur adjoint de l'Institut de Recherche scientifique de Madagascar. En 2003, elle est publiée et diffusée en commun par trois organismes de recherche : le Centre de Coopération internationale en Recherche agronomique pour le Développement (CIRAD), l'Institut de Recherche pour le Développement (IRD) et le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN). Elle a publie des monographies et ouvrages, en français ou en anglais, d'identification de la faune – vertébrés et invertébrés – de la Grande Île.