La collection Patrimoines naturels publie en français des inventaires, des atlas, des listes et des bibliographies sur la faune et la flore de France, des DOM-TOM et des pays francophones. Elle publie aussi en anglais le même genre de documents étendus à l'Europe. Ces ouvrages sur la connaissance et la gestion de la biodiversité s'adressent aux naturalistes, enseignants, chercheurs et gestionnaires de l'environnement.
La collection Patrimoines naturels fait suite à la collection Inventaires de faune et de flore.